微生物学教研室始建于1949年，是由我国著名微生物学家及先驱者魏曦教授归国后主持成立并担任第一任教研室主任。近七十年来为我国培养了大批微生物学专业人员，并涌现出一些优秀的科学家，像《中国微生态杂志》创编及第一任主编、全国著名微生态学家康白教授，绿脓杆菌菌苗的发明者，至今仍保持辽宁省科技转让费最高的牟希亚教授，著名免疫学家程一櫂教授，大连医科大学检验学院创始人张颖悟教授，多部本专业教科书主编张卓然教授，以及大连医科大学前副校长、博士生导师黄敏教授，为教研室的建设和学科发展做出巨大的贡献。1986年获微生物学专业硕士学位授予权，2011年获微生物学专业博士学位授予权。

目前，教研室拥有教师12人，其中教授2人，副教授4人，讲师6人；辽宁省高校教学名师1人，辽宁省优秀教师1人。

微生物学教研室一直承担本科生和研究生教学工作，同时承担着微生物领域的研究及研究生培养工作，主编和参编多部教科书及专著，2004年获辽宁省精品课程，发表科研论文300余篇，获辽宁省科技进步二等奖2项、辽宁省科技进步三等奖3项、辽宁省教委科技进步三等奖3项及大连市政府科技进步二等奖1项，已公开专利申请12项，已经授权专利10项。