形态学实验室成立于2004年6月，由病理学、组织胚胎学和细胞生物学三个教研室中的教学实验室合并而成。目前科室工作人员共9人，设副主任1人，其中副教授2人，高级实验师1人，实验师6人。

形态学实验室拥有数字网络显微互动实验室4个，多媒体光学显微镜实验室6个，共有Olympus和Nikon光学显微镜500余台；大体标本陈列室1个，大体标本实验室2个；标准化的细胞培养实验室3个，拥有超净台、CO₂孵箱和倒置显微镜等。此外还拥有病理组织学切片和染色等所需的全套设备，包括包埋机冷冻台、烘片机、切片机以及数字切片扫描应用系统等，其它较大型仪器设备还包括高速冷冻离心机、PCR仪、酶标仪、凝胶成像系统和紫外分光光度计等，可为全校师生提供便利的教学和科研平台。

形态学实验室目前承担全校病理学、组织胚胎学和细胞生物学三个教研室开设的所有本科生、研究生和留学生的实验课程教学任务，包括病理学、组织胚胎学、细胞生物学、遗传学、免疫化学与电镜和组织细胞培养等。

形态学实验室在成立之初便锐意进行教学改革，为了提高学生的自主学习、创新和动手能力，将解剖学、组织学和病理学等学科内容有机整合，形成了医学形态学课程，内容主要包括器官综合实验、病例分析应用实验和动物设计实验三部分，成为临床医学七年制和五年制的必修课，并出版了《医学形态实验学》教材（人民卫生出版社）。医学形态学教学系列改革成果获辽宁省教育厅和高等教育学会教学成果三等奖各一次（2005和2013年）。